주사기는 가늘수록 잘 뽑히고, 보통은 주수만큼의 양수를 뽑게 되므로 20주인 경우 10㎖ 주사기로 2개를 뽑게 된다. 보통 처음 뽑을 때 나오는 양수에는 엄마의 세포가 함께 섞여 있을 수 있으므로 버리기도 한다.

양수검사 후 30분간 침대에 누워 있은 후 귀가 전에 주사기로 찌른 부위에서 출혈이나 혈종은 없는지, 태아의 심박동은 잘 뛰는지를 확인해 준다. 귀가 시 의사에 따라 2~3일간의 항생제를 처방하기도 하는데 반드시 필요한 것은 아니나, 여러 번 찌른 경우나, 염증 발생이 예상되는 경우 처방할 수 있다. 양수검사의 합병증 합병증은 흔하지 않으나, 100% 안전한 검사는 아니다. 일시적으로 1~2일간 질출혈이 있을 수 있고, 1~2%에서는 양막파수, 0.1%에서 융모양막염과 같은 염증이 생길 수 있다. 바늘로 태아를 찔러 태아에게 손상을 주는 일은 초음파를 보면서 검사를 시행하므로 거의 있을 수 없다. 따라서 전체적인 합병증의 빈도는 0.5%(1/200)이다.

태반이 앞쪽에 위치해 있는 경우, 바늘이 태반을 관통하는 것을 피할 수 없어 태반에서 피가 나며 양수가 붉게 혈액이 섞여 나올 수 있으나, 30분 정도 누워 있는 동안 대부분 멈추는 것을 볼 수 있다. 산모가 비만하거나, 양수를 싸고 있는 두개의 막인 양막과 융모막이 덜 붙은 경우(보통은 14주까지 두개의 막이 완전히 융합하여 마치 하나의 막처럼 보임), 바늘이 융모막을 관통한 후 양막을 관통하지 못하여 그 사이에 위치하는 경우 혈종이 생겨 인위적인 융모-양막 분리가 생기는 예가 빈번히 보고되고 있다.

양수검사 후 태아사망이 있을 수 있다. 양수검사 당시 임산부의 나이가 40세 이상인 경우가 20~34세인 경우보다 태아 사망의 빈도가 더 높으며, 임신 제 1삼분기에 유산의 과거력이

3회 이상인 경우, 임신 제 2삼분기에 태아가 사망하거나, 임신 중절을 시행한 과거력이 있을 때 양수검사 후 태아사망 빈도가 높게 나타난다. 태아사망이 있었던 경우 양수검사와 관계없이 태반조기박리, 비정상적인 태반착상, 감염 등이 미리 존재했던 경우가 원인이 되는 경우도 있다. 양수검사의 적응증

-분만 시 산모의 나이(예정일 기준)가 만 35세 이상인 경우 -이란성 쌍둥이를 임신한 산모의 나이가 31세 또는 33세 이상인 경우
(두 연구자가 서로 다른 나이를 제시하고 있어 양수검사를 실시하는 의사가 결정해야 함) -이전 임신 시 다운증후군, 에드워드 증후군, 파타증후군의 분만경험이 있는 여성 -이전 임신 시 47,XXX 나 47,XXY의 경험이 있는 여성 -이전 임신 시 임신초기 이후 세배수체증의 경험이 있는 여성 -임산부나 그 배우자가 염색체 전위 또는 역전 보인자일 때 -임산부가 21세염색체증후군이거나 47,XXX여성이거나, 47,XYY인 남성 -초음파검사에서 태아의 중요한 구조적 이상이 발견된 경우 우리병원 산부인과에서는 양수천자 후 검체를 전통적으로 2~3주가 소요되는 배양법과 3일이 소요되는 QF-PCR 형광정량법을 동시에 시행하고 있어 다운증후군, 에드워드증후군, 파타우 증후군, 터너증후군, 클라인펠터 증후군을 양수검사 후 3일이면 99%정도 정확하게 알 수 있다.